Snapgene軟件 v5.0.9 中文版

Snapgene正版軟件介紹

SnapGene正版是一款專業(yè)的生物學(xué)的軟件，SnapGene官方版用于創(chuàng)建和共享豐富的注釋文件，能夠非常直觀的注釋分析和DNA圖譜，幫助我們準(zhǔn)確清晰地為分子生物學(xué)繪制相關(guān)圖形，幫助用戶快速計劃，可視化和記錄您的日常分子生物學(xué)程序。

Snapgene正版軟件功能

1、In-Fusion 克隆

Clontech的In-Fusion克隆技術(shù)是創(chuàng)建無縫基因融合的一種非常通用的方法。SnapGene是第一個模擬此程序的軟件。只需選擇您想要融合的DNA片段，SnapGene即可設(shè)計引物。

2、GibsonAssembly

許多研究人員轉(zhuǎn)向吉布森大會，不使用限制性內(nèi)切酶將片段插入質(zhì)粒。通過PCR擴增待連接的DNA片段以產(chǎn)生重疊末端。SnapGene簡化了吉布森裝配反應(yīng)的計劃，并自動化了底漆設(shè)計。

3、限制性克隆

SnapGene獨特的限制克隆界面以干凈的布局顯示您需要的信息。規(guī)劃克隆程序從未如此簡單。如果你已經(jīng)知道你想要做什么，克隆模擬只需要幾秒鐘。如果克隆程序存在設(shè)計缺陷，則可以在模擬過程中捕獲并糾正錯誤。

4、PCR＆誘變

設(shè)計引物后，可用它們來模擬常規(guī)PCR，重疊延伸PCR或誘變。產(chǎn)生的DNA序列文件立即可用于進(jìn)一步操作。與限制性克隆界面一樣，針對引物的界面以直觀的方式顯示關(guān)鍵信息。

5、自動文檔

SnapGene最令人驚奇的地方在于它會自動記錄克隆項目中的步驟。每次編輯序列或模擬克隆或PCR或誘變時，該程序都會自動記錄在圖形歷史記錄中。在模擬DNA構(gòu)建體的創(chuàng)建之后，您可以將歷史記錄用作實驗方案。嵌入在最終文件中的是所有的祖先構(gòu)造，其中的每一個都可以作為單獨的文件復(fù)活。

Snapgene正版軟件特色

1、瓊脂糖凝膠電泳

SnapGene使用先進(jìn)的算法來創(chuàng)建逼真的瓊脂糖凝膠模擬。限制片段以三種格式顯示：模擬凝膠，數(shù)字列表和序列圖。您可以使用模擬凝膠計劃診斷性限制消化，或?qū)嶋H凝膠圖像與預(yù)測模式進(jìn)行比較。

2、DNA序列中的注釋功能非常簡單。

SnapGene格式與GenBank標(biāo)準(zhǔn)相匹配，但添加了諸如顏色，方向性和片段等選項。編碼序列被翻譯，以便您可以可視化密碼子，追蹤氨基酸編號，并檢查閱讀框架以尋找基因融合。功能可以從其他文件導(dǎo)入，或者從可定制列表中自動注釋。

3、引物的設(shè)計和可視化

與許多其他程序不同，SnapGene使用嚴(yán)格的熱力學(xué)算法來計算解鏈溫度和雙鏈路線。您可以使用引物模擬程序，如PCR，誘變和In-Fusion克隆。引物可以從其他文件導(dǎo)入或?qū)С鰹槲谋靖袷健?/p>

4、大序列

在這個基因組時代，你的分子生物學(xué)軟件應(yīng)該能夠處理染色體大小的序列。由于采用了專有的MICA算法，SnapGene可以用于瀏覽具有數(shù)千個注釋功能的大型序列。智能搜索和縮放控制使得染色體的導(dǎo)航非常簡單。

5、多功能數(shù)據(jù)導(dǎo)入和導(dǎo)出

SnapGene可以讀取許多常見的文件格式，捕獲DNA序列和注釋。支持的格式列表包括 APE， DNASTAR的Lasergene， 基因工程Kit， 基因庫， MacVector， 矢量NTI等等。

Snapgene正版使用教程

限制性克隆的技巧：

對于許多應(yīng)用，常規(guī)限制性克隆仍然是最好的方法。一些簡單的技巧將有助于確保您的克隆順利進(jìn)行。

1、一般技巧

首先，在程序的每一步都要小心。從長遠(yuǎn)來看，這種方法可以節(jié)省時間。

確保DNA非常干凈。當(dāng)制備載體或切除待插入的片段時，從約2μg的DNA開始。

每次酶促反應(yīng)后，用旋轉(zhuǎn)柱純化DNA。在40-45μl的10mM Tris（pH8.5）中洗脫DNA，然后進(jìn)行下一步反應(yīng)。（在用凝膠純化DNA片段之前不需要使用旋轉(zhuǎn)柱。）

為了最大限度地提高效率，請盡量減少程序中的步驟數(shù)。例如，將鈍端片段克隆到鈍性載體位點（例如SmaI位點）比將其用Klenow或T4 DNA聚合酶鈍化的位點更好。

如有疑問，用凝膠純化DNA片段。更清潔的起始材料將產(chǎn)生更好的結(jié)果。

2、準(zhǔn)備矢量

限制性克隆最常見的問題是在手術(shù)后恢復(fù)起始載體。該問題有兩個原因：載體的不完全消化，以及切割載體與其自身的重新連接。下面描述的技巧將最大限度地減少這些影響。

確保載體的消化完成。使用過量的限制酶（約20 U，2μgDNA），消化約4小時。如果載體需要用兩種具有不同最佳反應(yīng)緩沖液的酶切割，則依次進(jìn)行消化，并在其間進(jìn)行旋轉(zhuǎn)柱純化。

消化載體（并且如果合適的話鈍化），用磷酸酶處理：在37℃下1小時處于5'突出端，或者如果DNA具有任何平末端或3'突出端則在50℃處理1小時。

用旋轉(zhuǎn)柱除去磷酸酶。通常不需要對載體進(jìn)行凝膠純化，因為磷酸酶處理會使產(chǎn)生的任何額外DNA片段失活。

3、使用載體，確保消化和磷酸酶反應(yīng)完成。徹底和反復(fù)地渦旋混合物，并且不允許任何液滴逃脫酶處理。在渦旋后短暫旋轉(zhuǎn)以確保管側(cè)沒有留下液滴是個好主意。

準(zhǔn)備插入的片段

為了制備插入的片段，不完全消化不是一個嚴(yán)重的問題，因為片段的部分回收是可接受的。您可以使用相對較短的消化時間，對于雙重消化，您可以使用對一種或兩種酶來說不是最理想的反應(yīng)緩沖液。

用凝膠純化插入的片段。除去除不需要的或不完全消化的DNA外，該方法還可去除酶和小分子。當(dāng)用透照儀觀察DNA條帶時，不要使用312nm或更低的短波紫外線，因為DNA會受到嚴(yán)重?fù)p害。請改用360-365 nm紫外燈。

如果通過PCR產(chǎn)生插入的片段，則在進(jìn)行任何限制性消化之前用凝膠或旋轉(zhuǎn)柱純化。如果您計劃將平末端PCR片段（用聚合酶如Pfu產(chǎn)生）克隆到磷酸酶處理的載體中，請確保您的PCR引物含有5'-磷酸。

結(jié)扎和轉(zhuǎn)化

使用磷酸酶處理的載體，進(jìn)行對照連接，其中省略插入的片段。該對照連接應(yīng)該產(chǎn)生非常少的轉(zhuǎn)化體，因為只有環(huán)狀DNA分子有效地轉(zhuǎn)化大腸桿菌，并且在不與磷酸化片段連接的情況下不能發(fā)生載體的再環(huán)化。

如果DNA僅有粘性末端，則在室溫下連接約1小時。如果DNA具有任何平端，則在室溫下連接約4小時并使用高濃度T4連接酶。

微量制作和診斷摘要

如果您使用插入的片段獲得了比用于對照連接的結(jié)扎更多的轉(zhuǎn)化體，那么您的克隆幾乎肯定會起作用，并且您通常只能制作3-4個小量制備物。

在執(zhí)行小量制備的診斷限制摘要時，始終包括起始向量作為參考標(biāo)準(zhǔn)。